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Es gibt sehr viele Config-Variablen.

Einfach mal das Handbuch aufmachen und nach Logo suchen.

Folgende Variablen könnten interessant sein:

$g_logo_image
$g_logo_url

Damit kann man sich das Anpassen der Core-Dateien wie "html_api.php" sparen.

Für tiefergreifende Anpassungen reichen die Variablen aber nicht aus.